La Fondazione nasce nel 1869 per volontà di Giovanni Querini Stampalia che, in mancanza di eredi diretti, con il suo testamento lasciò in dono alla città di Venezia tutto il suo patrimonio per la creazione di un'istituzione culturale "atta a promuovere il culto dei buoni studi, e delle utili discipline". La Fondazione offre attualmente al pubblico una ricca biblioteca che funge da biblioteca civica per la città di Venezia il cui nucleo antico è costituito dalla biblioteca antica dei Querini, così come un museo che si caratterizza per essere uno dei migliori esempi di casa museo in Europa. La parte più antica del materiale documentario conservato presso la Fondazione è rappresentato dall'archivio della famiglia Querini Stampalia, mentre l'archivio prodotto dalla Fondazione data dal 1869, anno di costituzione dell'istituzione culturale. In anni recenti sono pervenuti alla Fondazione numerosi fondi librari di personalità della cultura, alcuni dei quali accompagnati dai rispettivi archivi.