L'archivio ha subito nel corso del tempo importanti perdite che hanno determinato ampie lacune documentarie: mancano i registri, gli indici ed i fascicoli relativi al periodo 1815 - 1859, che furono distrutti tra il 25 e il 31 maggio 1916 durante lo sgombero degli archivi della Prefettura, avvenuto sotto l’incombente pericolo dell’occupazione di Vicenza da parte delle truppe austriache; così come sono andati perduti i fascicoli relativi al periodo 1911 - 1939, che furono distrutti a seguito dell’incendio propagatosi al 3° piano di Palazzo Nievo, ove era ubicato l’archivio, colpito da una bomba sganciata da un aereo durante il bombardamento di Vicenza ad opera dell’aviazione inglese il 18 marzo 1945. La documentazione fino all'anno 1955,  è stata ordinata e inventariata nel 1996 nell'ambito di un progetto coordinato dall'Istituto per le ricerche di storia sociale e religiosa di Vicenza.